农村合作医疗是农民群众在长期与疾病作斗争中逐渐形成和发展起来的一种医疗保障制度，是解决农村居民疾病医疗与保健问题的主要依托。1996年年底，中共中央、国务院在北京召开全国卫生工作会议，江泽民同志在讲话中指出：“现在许多农村发展合作医疗，深得人心，人民群众把它称为“民心工程”和“德政””。随着我国经济与社会的不断发展，越来越多的人开始认识到，“三农”问题是关系党和国家全局性的根本问题。而不解决好农民的医疗保障问题，就无法实现全面建设小康社会的目标，也谈不上现代化社会的完全建立，农村建立新型合作医疗制度应运而生。
以下是对农村合作医疗制度中，最关系民众的部分的介绍：
资金筹措方面：
最重要的表现是国家投入，而且拿大头。在强调农民必须自愿的原则下，基本上是农民每年人均10元钱，地方、中央财政再各拿出10元钱，即国家拿出两倍的钱，用于为农民解决看病难问题。这有别于过去的合作医疗仅是农民自己出钱，互助共济的形式。
报销方面：
过去的合作医疗一般是平均主义的报销办法，资金的使用没有重点。这次明确规定报销是以大病统筹为主，把70%的合作医疗资金用在大病、重病的报销上，避免农民一家人因病致贫、返贫。医疗费用报销有封顶，不是全部包干。这样可以使更多的农民得到基金的支持，从而避免了一二个大病病人把合作医疗基金全部花光的现象。通过对全国试点地区的调研发现，由于各地筹资水平的不同，封顶线也各有不同。目前的报销封顶线大多在1万-2万元。
资金管理方面：
新型农村医疗合作制度的基金采取专户存储，专款专用的方式，严禁任何单位和个人违法挪用。参加合作医疗的农民到县（市）、乡（镇）、村定点医疗机构就诊时，可直接按规定减免或报销部分医药费用。定点医疗机构定期将所减免或报销的资金数额以及相关凭据报到县（市）或乡（镇）新型农村合作医疗经办机构，经审核后开具申请支付凭证，交由代理银行办理资金结算业务，直接将资金转入有关医疗机构的银行账户，做到新型农村合作医疗基金收支分离，管用分开，封闭运行。
新型农村合作医疗制度加强了村卫生室、乡卫生院和县医院三级医疗机构的建设，有力地促进了农村医疗卫生工作的新发展。